Институт ионосферы является головной организацией РК по формированию и выполнению Программ научных исследований и экспериментов на пилотируемых комплексах (ПК) с участием казахстанских космонавтов.

Подготовлены для выполнения на ПК:

1. КЭ: «Внешнее радиозондирование ионосферных возмущений (неоднородностей), а также исследование оптических свойств верхней атмосферы в различных диапазонах длин волн и их связь с нештатными ситуациями на КА».

2. КЭ «Повышение надежности бортовой электронной аппаратуры и улучшение методов защиты ИС в условиях воздействия факторов КП».

3. Предложения для участия в Международной Лунной программе.